馬禮遜於1782年1月5日生於英國蘇格蘭，是家中八個孩子最年幼的一個。父母親都是虔誠的基督徒，父親為蘇格蘭長老會之長老，所以，馬禮遜自小就一直在敬虔的家庭中長大。
馬禮遜童年即接觸到福音，16 歲時受浸加入新城堡市的長老宗教會。信主之後的馬禮遜，積極參加教會的查經、禱告和團契活動，還關注那些在海外異域傳道的宣教士消息。
1801年，年僅19歲的馬禮遜受到聖靈感動，決志成為一名宣教士，到異國他邦傳福音。1804年9月，高士坡宣教學院的董事會通過決議，差派馬禮遜前往中國宣教。1807 年 1 月 28 日，馬禮遜肩負著宣教使命，啟程前往中國。在辦理出境手續時，船長得知他要去中國宣教，即以懷疑的口吻對馬禮遜說：「馬禮遜先生，你真的期望自己可以改變中國人崇拜偶像的陋習嗎？」
馬禮遜毫不猶疑地回答說：「我不能，但我相信神能做成這一切。」
在太平洋上顛簸了近四個月之後，馬禮遜於 1807年9月4日，抵達中國的澳門，9月8日到達廣州。人雖然安全到達了，但他所面臨的卻是重重困難與挑戰。首先的難處是居住問題，因為當時不僅是中國人禁止英國人住在廣州，連澳門的葡萄牙人也禁止他住在那裡，但他堅信神會安排自己住在中國人中間。生活上的適應更非易事，他開始嘗試中國菜餚，並與他的中文老師一起用餐。他學中國人留長指甲，在後腦勺留起了長辮子，用筷子進食。他穿中國式的長袍和厚底鞋，在洋行區的街道上行走。
1809 年2月20日，馬禮遜在澳門與瑪麗·莫頓小姐(Mary Morton) 結婚。不幸的是，瑪麗身體孱弱，常受疾病纏擾。加之馬禮遜因工作上的需要，每年差不多有半年時間需居住在廣州。礙於當時的法例，他又不能攜眷同行。因此，夫婦倆飽受分離之苦。馬禮遜在日記中，經常流露出對妻子的思念之情。更為不幸的是，他們的頭生男嬰夭折了，這使他們的精神受到很大打擊。馬禮遜自青年時期即已立定心志，要忠心於主的宣教使命，至死不渝。他做到了，在中國事奉二十七載，他未負所托，未虛度寸陰，把自己的青春、才智與愛完全獻給了中國人，為基督教在中國的宣教事業開創了良好的開端，奠下了堅實的基礎。
在1819年，馬禮遜已完成了新舊約聖經的翻譯工作。經過12年零三個月的時間，馬禮遜終於在11 月25日完成全本中文新舊約聖經之翻譯。當中有米憐協助翻譯約伯記、舊約歷史書部分；而馬禮遜則負責舊約聖經其中26卷書，及新約聖經其中13 卷書。
1821 懷有身孕的馬夫人，忽染霍亂，經兩天之痛苦掙扎，於6月10日病逝。當地的華人反對給他們土地為其下葬，就如當年他的長子夭折時遭當地人反對一樣，認為有白人葬在他們的地上不吉祥。後得東印度公司主管挺身協助，克服困難，以一千英鎊購買一塊墳地，才讓馬夫人得安葬。由於當時清例禁外籍婦女居留廣州，故喪妻後的馬禮遜返廣州公幹時，只能攜六歲兒子儒翰同行，留下九歲女兒在澳門，由別人照顧。
1834年8月1日，身患熱病和其他復雜病症的馬禮遜，在廣州息了他在地上的勞苦，享年 52 歲。之後他的靈柩運至澳門，安葬在他的妻子瑪麗的墓旁。
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