路德在威登堡選侯智者腓德烈(Frederick the Wise)的保護下,長期於此定居、講學。一五一七年,路德與天主教的衝突爆發。為了反對帖次勒(Tetzel)在威登堡販售贖罪券斂財的無恥行徑,路德將《九十五條》釘在威登堡教堂的大門上,邀請各界在贖罪券的買賣、教皇赦罪的權柄、以及教會的寶庫等三個議題上,進行公開的辯論。此舉因著印刷術的便利,震撼了整個歐洲,教皇的權威與教會的財源,受到了嚴重的打擊。一五一八年,路德與紅衣主教迦耶坦(Cajetan)在奧格斯堡(Augsburg)進行會談;次年,路德與厄克(Johann Eck)在來比錫(Leipzig)進行辯論;路德一再拒絕讓步,只不斷重申聖經的權威。一五二○年,路德積極投入文字工作,出版了《致德意志貴族公開書》、《教會被擄巴比倫》、《基督徒的自由》、以及上百本的德文小冊。這些小冊在歐洲受到廣泛歡迎,激起了教皇的憤怒。教皇下詔要路德於六十日之內悔改,路德卻將這分詔令公開燒毀。隔年一月,教廷正式頒諭,開除路德馬丁的教籍。路德與天主教至此正式決裂。
一五二一年,在教皇的催促下,新皇查理五世在沃木斯召開會議(Diet of Worms),要求路德出席說明。路德在皇帝和議會的面前重申聖經的權威。他說,‘除非是聖經或真理說服我-我不接納教皇和議會的權威,因為他們常常自相矛盾-我的良心是神話語的俘虜。我不能,也不會改變任何信念。…這是我的立場,求神幫助我。’路德在返家的途中,被朋友以假綁架的方式擄走,藏在瓦特堡(Wartburg)的城堡裡。會議結束後的一個月,皇帝立即宣佈路德是冥頑不靈的異端分子,下令捉拿並禁止其刊物的發行。