化石一向被進化論者視為直接證據，用以證明古生物的漸進演化是曾經發生過的歷史事件，絕非空穴來風，也正因為這樣新的化石出現常令進化論者雀躍。而生物教科書在選擇進化論為生物的起源作解釋時，也絕口不提過渡化石在演化過程的諸多矛盾，彷彿生物的進化過程毫無問題一般，然而事實真的是如此嗎？其實新的化石的發現，時常讓進化理論陷入眾說紛紜及自相矛盾的境地，這恐怕是達爾文始料未及的。
羽毛恐龍是進化『新證據』，還是進化『新矛盾』？
在上個世紀末在中國大陸羽毛恐龍化石的發現，震驚全球。大家都同意『羽毛』是現代鳥類的典型特徵，因此羽毛恐龍被大多數的進化論者認為是找到了恐龍鳥類之中演化的『過渡中間型生物』，尤其是似乎是找到了鳥類是由爬蟲類演化的『新證據』。但正如以上所述，這些新證據的出現，卻讓鳥類演化的廣進化歷程帶入諸多新矛盾，造成更多爭議的情況。為探尋鳥類的祖先是誰，目前雖有羽毛恐龍、始祖鳥化石、孔子鳥等化石挖掘出土，但是進化論者本身也ㄧ直因為新出土的化石的『特徵』與如何演化為鳥類可能的各類『演化支序』而陷入相互的爭論中。雖有較多恐龍學者認為鳥類的祖先可能是源自於至今已全數滅絕的恐龍，言論稍占上風，但是卻有諸多鳥類學者持反對觀點，所以至今進化論者鳥類的祖先到底是誰，如何由恐龍演化為鳥，彼此仍然沒有最終明確的定論，因此這些羽毛恐龍化石的出土並沒有解釋鳥類的起源為何，卻反而造成了古生物學者彼此爭論且莫衷一是的情況。
而所謂的羽毛恐龍的『新證據』所造成的矛盾，大致有以下幾點：
1.生存年代的矛盾──『孫子』竟是『爺爺』的祖先？
進化論者推測的始祖鳥生存年代【被認為是1億5000萬年前】竟然比羽毛恐龍【被認為是1億2500萬年前】早出現2500萬年，十分反常。照理說，始祖鳥被認為是較為高等的『鳥』，被發現的年代理應是在羽毛恐龍之後數百萬年，然而實際出土的地層順序卻是始祖鳥比羽毛恐龍早出現2500萬年，變成先出現的是『孫子(始祖鳥)』，晚出現的是『爺爺(羽毛恐龍)』！照演化的原理，古老的生物應在下層，較年輕的生物應在較上層，然而實際的情形竟然形成『孫子(始祖鳥)』是『爺爺(羽毛恐龍)』的『祖先』，造成時間順序完全無法吻合且自相矛盾顛倒的不合理現象，這些不合理的情形教科書也應該一併討論，不能置之不理。而李家維教授承認：『這一類的辯論(指支持與反對的兩派學說)在演化學者間是司空見慣的，尋找失落的環節永遠是大家的挑戰。』(註1)
2.奔龍與古代鳥類化石頭部與前肢形態差異過大，缺乏形態過渡的相似點
持反對意見的鳥類學者認為：恐龍是爬行動物的特殊演化支序，恐龍與鳥類兩者頭部與前肢形態差異甚大，如果恐龍卻又演化出更高等，更大的鳥類類群，不符合演化常理。
中國大陸的古脊椎動物與古人類研究所研究員侯連海教授在影片中說道：
『孔子鳥與羽毛恐龍雖然是共同在同一地層(代表生存年代相同)及同一地點被發現，我還是認為鳥類不是起源於恐龍。特別是孔子鳥，牠的形態特徵，譬如牠頭上的特徵，譬如前肢的特徵，任何的獸足類的恐龍都不會有這些特徵出現，牠們彼此之間有著極大的差異。…..恐龍本身就已經是由爬行動物主幹分出來的另一支系了，牠實際上是同類的一個特化的支系，由進化的概念看來，不可能再從恐龍分出一個更高級、更大的類群。更何況小型獸腳類恐龍(指奔龍)從出現到中生代全體滅絕，其實牠的型態基本上就一直是那樣子，沒甚麼改變(註：沒有變得更變得像鳥)。』(註1)
3.恐龍變鳥說的支持派又再分為兩派──『樹棲派』與『地棲派』──兩派彼此相持不下，各執一詞。
主張『恐龍變鳥說』的演化學者分為『樹棲派』與『地棲派』兩種主張，然而這兩種主張彼此都有極大矛盾之處，等於兩個路徑都是死胡同。其中樹棲派主張『會爬樹的恐龍』變成鳥類→矛盾是：目前發現的孔子鳥與始祖鳥均為在樹間滑翔的鳥類，而滑翔並沒有鍛鍊到鳥祖先的胸肌(鳥類的飛翔需要強而有力的胸肌鼓動翅膀)，換句話說，森林內食物豐富，缺乏鳥類必須展翅高飛才能生存的環境誘因，因此不容易天擇篩選出胸肌強大的鳥類祖先。
另一面，地棲派主張『奔跑的恐龍』為了捕食『會飛的昆蟲』，因著突變加上天擇，演化出強大的胸肌的鳥類祖先→這樣的說法雖然較能合理地以『胸肌為何強大』解釋陸地奔跑的恐龍的前肢如何演化為會飛的鳥類翅膀，矛盾是：中國新發現的所謂的『古代鳥』(如孔子鳥)，卻像始祖鳥一樣，在翅膀的尖端有三根趾頭，說出此種翅膀是用來『抓樹枝』及『滑翔』的構造，凸顯出這些鳥均為樹棲生活的，其特徵並不類似在廣大平原上奔跑的恐龍。因此雖有似乎是中間型的鳥類化石出現，其特徵卻不符合地棲派較合乎天擇原理的『奔龍演化為鳥類』的主張。因此孔子鳥的過渡新化石雖被發現，其演化歷程推演衍生的自相矛盾之處卻反而更多了！
4. 鳥類學者則有不同看法，認為羽毛恐龍的所謂的『羽毛』不是『飛羽』，而僅是『絲狀痕跡』(註2)
原本曾在70年代提倡恐龍演化為鳥類的學者約翰．奧斯特倫姆(John Ostrom)、鳥類羽毛學家艾倫．布魯希(Alan Brush)、史前鳥類學家賴瑞．馬丁(Larry Martin)、以及始祖鳥專家彼得．沃爾賀費爾(Peter Wellnhofer)共同前往北京研究中華龍鳥的標本，研究成果發表於隔年(1997)費城自然科學學院的一項會議，他們認為原始中華龍鳥的『絲狀痕跡』並不是現代鳥類的羽毛(註2)。史前鳥類專家艾倫．費都家(Alan Faduccia)在奧杜邦雜誌(Audubon Magazine)發表評論，認為原始中華龍鳥僅是美颌龍的一種，而恐龍學家帶有恐龍演化為鳥類的既定想法，所以才會將這些『絲狀結構』誤認為『羽毛』(註2) 。另一些鳥類學者也認為這些絲狀痕跡其實只是『膠質纖維的化石』，僅是為著保溫而與飛行無關(註3)。
5.其他不容忽略的重大差異如：羽毛恐龍的前肢極不發達且比例小
至於其他的特徵，奔龍、北票龍與中華龍鳥的前肢骨骼不只瘦小，且並無『翅膀化』跡象。奔龍的頭部是有長牙齒的，牙齒相當大，上頷骨有9顆牙齒(註2)，這說出牠們奔龍是用牙齒取食咀嚼的。而鳥類的特徵像：翅膀長且可飛翔、口中無牙齒、使用嗉囊來磨碎食物、身體充滿氣囊協助換氣、身體的密度小、質量極輕。這些構造都與恐龍的構造極為不同，為何古生物學者忽略兩者彼此之間如此的重大差異置之不理，卻專注只看彼此相類似的部分呢？深究鳥類與恐龍兩者的相異的部分極多，這些相異點包含：
1.奔龍、有羽毛的北票龍(Beipiaosaurus)、以及有羽毛的羽暴龍(Yutyrannus)，乃至於中華鳥龍(Sinornithosaurus)在中國內蒙古博物館的正模化石(如下圖)【非復原圖，亦非人工重建之骨骼化石標本】其前肢之於全身的『骨骼比例』顯得極為短小，前肢不發達(註4；註5；註6；註7)，且並無『翅膀化』跡象。這與進化為鳥類的趨勢極不相合，而現代鳥類卻有發達的翅膀及其中的內骨骼，如果與全身的骨骼比較，現代鳥類的翅膀之於全身骨骼比例顯然比中華鳥龍大得許多。
照片說明：中華鳥龍(Sinornithosaurus)在中國內蒙古博物館的正模化石。從圖中打圈處可以看到雖然此古生物被命名為『中華鳥龍』，事實上以骨骼架構看來，其前肢短小，也並無鳥類『翅膀化』的跡象，距離鳥與恐龍的中間型生物尚有相當的一段距離。
2.以骨骼的結構而言，鳥類具有『中空質輕』的骨骼，恐龍則否。
3.鳥類全身佈滿氣囊，可以協助肺部吸氣與呼氣，同時也可以減輕自身的體重，使自己在飛翔時密度變輕，增加空氣浮力。一般的恐龍則不具有此種特徵。
4.鳥類口中無牙齒、使用特殊的嗉囊來磨碎食物，先吞嚥後咀嚼。而大多數恐龍則口中佈滿牙齒，根本的結構有很大的不同。
而像這許多鳥類與恐龍兩者極為相異的各種特徵，都可能代表牠們兩者根本不具有任何演化上的親緣關係，古生物學者應當給予這些相異點同等的關注才對。
形態迴異的矛盾在魚類進化的古生代地層
在古生物魚類盾皮綱的演化過程，同樣有極大爭議的情形出現。進化論者羅默氏(A. S. Romer)曾提到盾皮綱魚類化石具有6種形態迴異又極怪異的魚類，這些魚類都別樹一幟，以進化理論難以解釋其演化過程。羅氏說道：
『我們原本期望看到一些與我們進化構想相符合的『綜合型』生物，但是我們是否在盾皮綱裡見到所期望的綜合型了呢？結果完全不是那回事！我們所見到的是一些奇形怪狀的生物，牠門不屬於任何類型，乍看之下，牠們似乎是無宗無源地突然發生的，且與其他後發生的較高等的生物扯不上宗源關係。事實上盾皮綱魚類存於泥盆紀是一件困擾的事，如果這些魚類不存在，情況反而簡單得多。』(註8)
照片說明：昆士蘭博物館的鄧氏魚頭顱骨(Dunkleosteus)
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綜合以上所述，無論這些羽毛恐龍新化石出土，或是古生代泥盆紀的6種形態怪異的盾皮綱魚類化石，這些雖然似乎是『有了』古生物種的中間型演化證據，但是像──始祖鳥竟然比羽毛恐龍早出現2500萬年；鳥類學者並不認同羽毛恐龍為鳥類祖先；恐龍變鳥說的樹棲派與地棲派的演化觀點彼此矛盾等──這些諸多演化『爭議與矛盾』卻也隨之產生。如此與進化論的推想產生重大矛盾，這樣的化石發現不知對進化論是『加分』，還是『打臉』呢？進化論者一直把化石視為進化論的『直接證據』，但是與進化中間型生物不符合的特徵與跡象出現時，這一切又說出了甚麼呢？
依照聖經智慧設計論(Intelligent design)的邏輯：萬物是『各從其類』的，也就是萬物應有各類生物不同架構與特色之基本區隔，如同牠們的細胞染色體數目也各自不同【如貓與貓科之獅子皆為38；長頸鹿為62；大麥為14】。聖經創世紀：『神說，地要生出有生命的物，各從其類；牲畜、爬物、走獸，各從其類；事就這樣成了。(恢復本創世紀一24)』古生物學者在尋找各類生物祖先之『中間型』過渡化石時，為何面臨如此巨大之困難，我想其原因就是在此了吧！
§參考資料：
1.Youtube影集：世紀之謎──鳥的起源與演化(下)，清華大學生命科學系教授李家維
2.Morell, V.(1997). “The origins of birds: the dinosaur debate.”Audubon Magazine, April 1997 issue:36-45.
3.Currie P. J. and Chen P.-j. (2001). “Anatomy of Sinosauropteryx prima from Liaoning, northeastern China. Canadien Journal of Earth Sciences, 38(1): 705-727.
4.中文維基百科：馳龍屬
5.中文維基百科：北票龍屬
6.中文維基百科：羽暴龍屬
7.中文維基百科：中華龍鳥屬
8.Romer, A. S. 1966. Vertebrate Paleontology, p.218. 3rd edi.. The University of Chicago Press, Chicago.
